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FROM bioconductor/bioconductor_docker:RELEASE_3_19 | |
# Update apt-get and install necessary libraries | |
RUN apt-get update \ | |
&& apt-get install -y \ | |
libcurl4-openssl-dev \ | |
libxml2-dev \ | |
openjdk-11-jdk \ | |
libcairo2-dev \ | |
libxt-dev \ | |
&& apt-get clean \ | |
&& rm -rf /var/lib/apt/lists/* | |
# Install R packages | |
RUN R -e "install.packages(c('shinyjqui','BiocManager','remotes', 'devtools', 'shiny','shinyscreenshot', 'readr', 'shinyAce', 'ggplot2', 'dplyr', 'shinythemes', 'openintro', 'plotly', 'DT', 'ggprism', 'ggbeeswarm', 'shinyFiles', 'stringr', 'shinyBS', 'shinydashboard', 'shinyWidgets', 'tidyr', 'pheatmap', 'grid', 'gridExtra', 'ggeasy', 'ggtext', 'colorspace', 'shinyjqui', 'tidyverse', 'gprofiler2', 'colourpicker', 'shinydashboardPlus', 'jsonlite', 'reshape2'))" | |
RUN R -e 'BiocManager::install("graph")' | |
RUN R -e "source('https://install-github.me/dreamRs/esquisse')" | |
# Install plumber and cyjshiny | |
RUN R -e "install.packages(c('plumber','cyjShiny','svglite'))" | |
# アプリケーションのディレクトリ構造を作成 | |
RUN mkdir -p /srv/app/modules \ | |
&& mkdir -p /srv/app/pathwaymap \ | |
&& mkdir -p /srv/app/svg \ | |
&& mkdir -p /srv/app/www \ | |
&& mkdir -p /srv/app/data # データ保存用ディレクトリを追加 | |
# ファイルのコピー | |
COPY ./app/ui.R /srv/app/ | |
COPY ./app/server.R /srv/app/ | |
COPY ./app/plumber.R /srv/app/ | |
COPY ./app/R /srv/app/modules/ | |
COPY ./app/data /srv/app/pathwaymap/ | |
COPY ./app/svg /srv/app/svg/ | |
COPY ./app/www /srv/app/www/ | |
COPY ./scripts/start.sh /usr/local/bin/start.sh | |
# 実行権限の設定 | |
RUN chmod +x /usr/local/bin/start.sh | |
# ディレクトリの権限設定(所有者をrootに) | |
RUN chmod -R 777 /srv/app \ | |
&& chmod -R 777 /srv/app/data | |
# ポート設定 | |
EXPOSE 9000 | |
EXPOSE 7860 | |
# 起動コマンド | |
CMD ["sh", "/usr/local/bin/start.sh"] | |